建立健全农民宅基地资格权认定管理和保障制度，确保农民利益不受损，是本轮宅基地制度改革的重点探索内容之一，也是改革红线之一。作为全国城乡融合程度最高的地区之一，昆山立足土地资源紧张，宅基地价值显著的实际，坚持守正创新，明确资格认定标准，坚持多种保障，针对不同村庄发展条件，通过农房翻建、动迁安置等方式实现了农民居住条件的全面提升，建立了城乡逐步一体的权益保障方式。
“三明确”实现申请有据可依。明确取得条件。建立了以土地承包经营权为基础的宅基地资格认定条件，实现农民义务与权利的对等，同时适度放宽户籍限定条件，赋予了因城乡发展动迁进城的农民一定的宅基地权益，体现城乡融合程度较高地区对农民宅基地权益更全面的保障。明确申请标准。确立宅基地权益以户为单位的保障申请标准，并对户的组成和分户的条件进行了严格限定，保障宅基地权益申请的公平公正，维护了农村的社会稳定。明确保障形式。结合区域资源条件和经济发展水平，建立了包括农房翻建，定销房、货币补偿、公共租赁住房、货币补贴等差异化的居住保障方式。对于新增宅基地需求，逐步以补贴方式代替分地分房，实现城乡居住保障的一体化和权益保障的可持续。
“三确保”助力户有宜居。确保保留村建房空间有保障。统筹考虑村庄面貌、历史背景和土地资源条件，并充分评估农户原宅面积和村庄规划方案，通过采取集中联建、移宅翻建、原址翻建实现土地资源的高效合理利用，推动保留村农户通过农房翻建改善居住条件，目前全市已完成农房翻建19321户，占可翻建农房比例达到65%。确保动迁村村民权益不受损。对于非保留村农户，建立了面积置换、以户补足、考虑新增的拆迁安置评估机制，动迁农户基本可以取得2套以上拆迁安置房，近年来已有7万余户农户完成了动迁集中居住，原宅基地和房屋的居住保障属性和财产价值得到充分实现，也为全市经济和产业发展提供了充足的土地资源。确保新增户保障可延续。为保障农村多子女居住权益，在严格分户标准的基础上，建立了新分户农民的联审联办和多种权益保障机制，区镇探索了租房补贴，购房优惠等多种保障方式，改革试点以来已为267户农民实现了居住权益保障。
